Maiquinique foi fundada em 20 de Janeiro de 1935 por Francisco Martins, originando-se da propriedade de Permínio Melo Flores, onde havia um armazém e uma hospedaria que abrigava os viajantes, tropeiros e boiadeiros.
Esta propriedade foi vendida ao Sr. Aleixo Pereira Passos, que doou quatro alqueiros a Francisco Martins, que incentivou a criação de um pequeno povoado cujo nome, Maiquinique é devido ao rio que banha a região.
No local de Maiquinique, só havia uma velha estrada, onde as pessoas sempre passavam, onde os boiadeiros conduziam a boiada.
Perminio Melo e família moravam na beira da estrada, onde havia uma casa e um barracão que hospedava os viajantes.
Havia também uma venda e uma lojinha. Francisco Martins queria formar um povoado ou uma cidade. Reuniram alguns homens e fizeram um mutirão e uma abertura.
Como naquele tempo não havia recursos para fazer tijolos e o cimento era difícil, ergueram suas casas com parede de enchimento e cobertura de palha. As primeiras casas que foram feitas estão localizadas onde hoje é a Praça Lomanto Jr. (a primeira feira livre funcionava no mesmo local). Havia barracas e era pouco o movimento. Devido a tudo isso, perceberam que Maiquinique se tornaria um povoado e logo queriam registrá-lo; um ano depois, no ano de 1936, fizeram a escritura no município de Macaraní e registraram na prefeitura.
Maiquinique ficou sendo povoado pertencente ao município de Macaraní. Entre os anos de 1940 e 1950, já haviam varias casas. As primeiras ruas foram em torno da Praça Lomanto Jr. a Rua Francisco Martins, Rua Tertulino Silveira Lima, Rua 7 de Setembro,Rua 16 de Julho e a Rua Ruy Barbosa. No desenrolar do povoado, queriam emancipar o povoado e assim, os moradores do local queriam ver logo o resultado, Maiquinique sendo uma cidade livre, e independente. Em 1953 deixa de ser povoado e passa a ser distrito.
Maiquinique veio a ser emancipada após 27 anos de sua fundação, em 16 de Julho de 1962 pelo decreto do ex-governador, Juracy Magalhães, elevando Maiquinique a categoria de município, criado com território desmembrado de Macaraní, por força da Lei Estadual, de 16.07.1961, com denominação de Maiquinique.
O primeiro prefeito de Maiquinique, foi Luiz Rodrigues Silva, no mandato de 1° de Janeiro de 1963 à 31 de Dezembro de 1966. O qual era vereador do município de Macaraní, quando Maiquinique ainda era distrito da mesma.
O segundo Prefeito de Maiquinique, foi Nelson José de Oliveira, que administrou de 1967 à 1970.
O terceiro prefeito de Maiquinique, foi Nataniel Souza Silveira, administrou com mandato de 2 anos, de 1° de Janeiro de 1971 a 31 de Dezembro de 1972.
O quarto prefeito foi Claudionor Coelho dos Santos, com mandato de 4 anos, que administrou de 1973 à 1976.
O quinto prefeito foi novamente Nataniel Souza Silveira, no seu segundo mandato, no período de 1977 à 1982. Considerado o prefeito que mais trabalhou em benefício da cidade realizou diversas obras.
O sexto prefeito foi Nemésio Meira Júnior, com mandato de 4 anos, de 1983 à 1988.
O sétimo prefeito foi José Francisco de Lacerda, que administrou de 1989 à 1992.
O oitavo prefeito foi novamente Nemésio Meira Júnior, que administrou pelo segundo mandato, de 1993 à 1996.
O nono prefeito foi novamente José Francisco de Lacerda, pelo seu segundo mandato o qual administrou de 1997 à 2000.
O décimo prefeito foi Dernilson de Souza Porto, que administrou de 1° de janeiro de 2001 e afastou-se, por problemas de saúde, em 25 de Maio do mesmo ano, quando assumiu o vice- prefeito, Wilian Faria Valadão. Depois de 3 meses, o prefeito Dernilson voltou a administrar o município, continuando com problemas de saúde, e renunciou definitivamente do cargo de prefeito em 14 de novembro de 2001, assumindo então definitivamente Wilian Faria Valadão como prefeito, depois de alguns meses a frente da prefeitura de Maiquinique, em viagem de visita a sua família em São Paulo, foi assassinado com dois tiros a queima roupa o então prefeito Wilian Faria Valadão, no dia 23 de março de 2002, veio assumir a prefeitura o presidente da Câmara, Nivaldo Sousa Guimarães, em 25 de março de 2002, onde ficou 90 dias como prefeito interino, até que fossem realizadas novas eleições, vencidas por Nemésio Meira Júnior.
O décimo primeiro prefeito foi Nivaldo de Sousa Guimarães, no período de 16 de julho de 2002 a 31 de Dezembro de 2004.
O décimo segundo foi novamente, pela terceira vez, Nemésio Meira Júnior, que administrou de 1° de janeiro de 2005 a 31 de Dezembro de 2008.
O décimo terceiro prefeito foi Jesulino de Souza Porto, no mandato de 1° de Janeiro de 2009 até a atualidade.
