Com a decisão do rei de Portugal D. João III em dividir o Brasil em capitanias hereditárias, coube ao português Antônio Cardoso de Barros, em 1535, administrar a Capitania do Siará (como era chamada a região correspondente as capitanias do Rio Grande, Ceará e Maranhão). Entretanto a região não lhe despertou interesse. Só então, em 1603, é que o açoriano Pero Coelho de Sousa liderou a primeira expedição a região, demostrando interesse em colonizar aquelas terras.
Pero Coelho se instalou às margens do rio Pirangi (depois batizado rio Siará), onde construiu o Forte de São Tiago, depois destruído por piratas franceses. A esquadra de Pero Coelho teve que enfrentar ainda a revolta dos índios da região que inconformados com a escravidão, destruíram o forte obrigando os europeus a migrarem para a ribeira do rio Jaguaribe. Lá, a esquadra de Pero Coelho construiu o Forte de São Lourenço. Em 1607, uma seca assolou a região e Pero Coelho abandonou a capitania.
Em 1612 foi enviado ao Siará o português Martim Soares Moreno, considerado o fundador do Ceará, que também se instalou às margens do Rio Siará (atualmente Barra do Ceará), onde recuperou e ampliou o Forte São Thiago e o batizou de Forte de São Sebastião. Deu-se início a colonização da capitania do Siará, dificultada pela oposição das tribos indígenas e invasões de piratas europeus.
No ano de 1637, região foi invadida por holandeses, enviados pelo príncipe Maurício de Nassau, que tomaram o Forte São Sebastião. Anos depois a expedição foi dizimada pelos ataques indígenas. Os holandeses ainda voltaram ao litoral brasileiro em 1649, numa expedição chefiada por Matias Beck e se instalaram nas proximidades do rio Pajéu, no Siará, onde construíram o Forte Schoonenborch.
Em 1654, o Schoonenborch foi tomado por portugueses, chefiados por Álvaro de Azevedo Barreto, e o forte foi renomeado de Forte de Fortaleza de Nossa Senhora da Assunção. A sua volta formou-se a segunda vila do Ceará, chamada de vila do Forte ou Fortaleza. A primeira vila reconhecida foi a de Aquiraz. Em 1726, a vila de Fortaleza passou a ser oficialmente a capital do Ceará após disputas com Aquiraz.
Duas frentes de ocupação atuaram no Siará, a primeira, chamada de sertão-de-fora foi controlada por pernambucanos que vinham do litoral, e a segunda, do sertão-de-dentro, controlada por baianos. Ao longo do tempo o Siará foi sendo ocupado o que impulsionou o surgimento de várias cidades. A pecuária serviu de motor para o povoamento e crescimento da região, transformado o Siará na “Civilização do Couro”.
Entre os séculos XVIII e XIX, o comércio do charque alavancou o crescimento econômico da região. Durante esse período, surgiram as cidades de Aracati, principal região comerciária do charque, Sobral, Icó, Acaraú, Camocim e Granja. Outras cidades como Caucaia, Crato, Pacajus, Messejana e Parangaba (as duas últimas bairros de Fortaleza) surgiram a partir da colonização indígena por parte dos jesuítas.
A partir de 1680, o Siará passou à condição de capitania subalterna de Pernambuco, desligada do Estado do Maranhão. A região só se tornou administrativamente independente em 1799, quando foi desmembrada de Pernambuco e o cultivo do algodão despontou como uma importante atividade econômica. Às vésperas da Independência do Brasil, em 28 de fevereiro de 1821, o Siará tornou-se uma província e assim permaneceu durante todo o período do Império. Com a Proclamação da República Brasileira, no ano de 1889, a província tornou-se o atual estado do Ceará.
Em 1817, os cearenses, liderados pela família Alencar, apoiaram a Revolução Pernambucana. O movimento, que se restringiu ao município do Cariri, especialmente na cidade do Crato, foi rapidamente sufocado.
Em 1824, após a independência, foi a vez dos cearenses das cidades do Crato, Icó e Quixeramobim demonstrarem sua insatisfação com o governo imperial. Assim eles se aderiram aos revoltosos pernambucanos na Confederação do Equador.
No século XIX, vários fatos marcaram a história do Ceará, como o fim da escravidão no Estado, em 25 de março de 1884, antes da Lei Áurea, assinada em 1888. O Ceará foi portanto o primeiro estado brasileiro a abolir a escravidão. Um cearense se destacou nessa época: o jangadeiro Francisco José do Nascimento que se recusou a transportar escravos em sua jangada. José do Nascimento ficou conhecido como Dragão do Mar (atualmente nome de um centro cultural em Fortaleza).
Entre 1896 e 1912, o comendador Antônio Pinto Nogueira Accioly governou o Estado de forma autoritária e monolítica. Seu mandato ficou conhecido como a “Política Aciolina” que deu início ao surgimento de diversos movimentos messiânicos, alguns deles liderados por Antônio Conselheiro, Padre Ibiapina, Padre Cícero e o beato Zé Lourenço. Os movimentos foram uma forma que a população encontrou de fugir da miséria a qual se encontrava a região. Foi também nessa época que surgiu o movimento do cangaço, liderado por Lampião.
Nos anos 30, cerca de 3 mil pessoas se reuniram, sob a liderança do beato Zé Lourenço, na região no sítio Baixa Danta, em Juazeiro do Norte. O sítio prosperou e desagradou a elite cearense. Em setembro de 1936, a comunidade foi dispersa e o sítio incendiado e bombardeado. O beato e seus seguidores rumaram para uma nova comunidade. Alguns moradores resolveram se vingar e preparam uma emboscada, que culminou num verdadeiro massacre. O episódio ficou conhecido como “Caldeirão”.
Nos anos 40, com a Segunda Guerra Mundial, foi montado uma base norte-americana no Ceará mudando os costumes da população, que passou a realizar diversos manifestos contra o nazismo. Também na mesma década, o governo, afim de estimular a migração dos sertanejos para a Amazônia realizou uma intensa propaganda. Esse contingente formou o “Exército da Borracha”, que trabalharam na exploração do látex das seringüeiras. Milhares de cearenses migraram para o Norte e acabaram morrendo no combate entre Estados Unidos e Aliados com os exércitos do Eixo, sem os seringais da Ásia para abastecê-los.