Demorou um certo tempo para que Portugal começasse a explorar economicamente o Brasil, uma vez que os interesses lusitanos estavam voltados para o comércio de especiarias nas Índias, e além disso, não havia nenhuma riqueza na costa brasileira que chamasse tanta atenção quanto o ouro, encontrado nas colônias espanholas, minério este que tornara uma nação muito poderosa na época.
Devido ao desinteresse lusitano, piratas e corsários começaram a extrair o pau-brasil, madeira muito encontrada no Brasil-colônia, e especial devido a extração de um pigmento, usado para tingir tecidos na Europa. Esses invasores eram em sua maioria franceses, e logo que chegaram no Brasil fizeram amizades com os índios, possibilitando entre eles uma relação comercial conhecida como “escambo”, na qual o trabalho indígena era trocado por alguma manufatura sem valor.
Com o objetivo de povoá-la, a colônia portuguesa foi dividida em quinze capitanias, para doze donatários. Entre elas destacam-se a capitania de Itamaracá, a qual se estendia do rio Santa Cruz até a Baía da Traição. Inicialmente essa capitania foi doada à Pero Lopes de Sousa, que não pôde assumir, vindo em seu lugar o administrador Francisco Braga, que devido a uma rivalidade com Duarte Coelho, deixou a capitania em falência, dando lugar a João Gonçalves, que realizou algumas benfeitorias na capitania como a fundação da Vila da Conceição e a construção de engenhos.
Após a morte de João Gonçalves, a capitania entrou em declínio, ficando à mercê de malfeitores e propiciando a continuidade do contrabando de madeira.
Em 1574 aconteceu um incidente conhecido como “Tragédia de Tracunhaém”, no qual índios mataram todos os moradores de um engenho chamado Tracunhaém em Pernambuco. Esse episódio ocorreu devido ao rapto e posterior desaparecimento de uma índia, filha do cacique potiguar, no Engenho de Tracunhaém. Após receber a comitiva constituída pela índia e seus irmãos, vindos de viagem, após resgatar a índia raptada, para pernoite em sua casa, um senhor de engenho, Diogo Dias, provavelmente escondeu-a, de modo que quando amanheceu o dia a moça havia desaparecido e seus irmãos voltaram para sua tribo sem a índia. Seu pai ainda apelou para as autoridades, enviando emissários a Pernambuco sem o menor sucesso.
Os franceses que se encontravam na Paraíba estimularam os potiguaras à luta. Pouco tempo depois, todos os chefes potiguaras se reuniram, movimentaram guerreiros da Paraíba e do Rio Grande do Norte e atacaram o engenho de Diogo Dias. Foram centenas de índios que, ardilosamente, se acercaram do engenho e realizaram um verdadeira chacina a morte de todos que encontraram pela frente: proprietários, colonos e escravos, seguindo-se o incêndio do engenho.
Após esta tragédia, D. João III, rei de Portugal, desmembrou Itamaracá, dando formação à capitania do Rio Paraíba.
Existia uma grande preocupação por parte dos lusitanos em conquistar a capitania que atualmente é a Paraíba, pois havia a garantia do progresso da capitania pernambucana, a quebrada aliança entre Potiguaras e franceses, e ainda, estender sua colonização ao norte.
Quando o governador-geral D. Luís de Brito recebeu a ordem para separar Itamaracá, recebeu também do rei de Portugal a ordem de punir os índios responsáveis pelo massacre, expulsar os franceses e fundar uma cidade. Assim começaram as cinco expedições para a conquista da Paraíba. Para isso o rei D. Sebastião mandou primeiramente o ouvidor-geral D. Fernão da Silva.
I Expedição (1574): O comandante desta expedição foi o ouvidor-geral D. Fernão da Silva. Ao chegar no Brasil, Fernão tomou posse das terras em nome do rei sem que houvesse nenhuma resistência, mas isso foi apenas uma armadilha. Sua tropa foi surpreendida por indígenas e teve que recuar para Pernambuco.
II Expedição (1575): Quem comandou a segunda expedição foi o governador-geral, D. Luís de Brito. Sua expedição foi prejudicada por ventos desfavoráveis e eles nem chegaram sequer às terras paraibanas. Três anos depois outro governador-geral Lourenço Veiga, tenta conquistar a o Rio Paraíba, não obtendo êxito.
III Expedição (1579): Ainda sob forte domínio “de fato” dos franceses, foi concedida, por dez anos, ao capitão Frutuoso Barbosa a capitania da Paraíba, desmembrada de Olinda. Essa ideia só lhe trouxe prejuízos, uma vez que quando estava vindo à Paraíba, caiu sobre sua frota uma forte tormenta e além de ter que recuar até Portugal, ele perdeu sua esposa .
IV Expedição (1582): Com a mesma proposta imposta por ele na expedição anterior, Frutuoso Barbosa volta decidido a conquistar a Paraíba, mas cai na armadilha dos índios e do franceses. Barbosa desiste após perder um filho em combate.
V Expedição (1584): Após a sua chegada à Paraíba, Frutuoso Barbosa capturou cinco navios de traficantes franceses, solicitando mais tropas de Pernambuco e da Bahia para assegurar os interesses portugueses na região. Nesse mesmo ano, da Bahia vieram reforços através de uma esquadra comandada por Diogo Flores de Valdés, e de Pernambuco tropas sob o comando de D. Filipe de Moura. Conseguiram finalmente expulsar os franceses e conquistar a Paraíba. Após a conquista, eles construíram os fortes de São Tiago e São Filipe.
Para as jornadas, o ouvidor-geral Martim Leitão formou uma tropa constituída por brancos, índios, escravos e até religiosos. Quando aqui chegaram se depararam com índios que sem defesa, fogem e são aprisionados. Ao saber que eram índios tabajaras, Martim Leitão manda soltá-los, afirmando que sua luta era contra os potiguaras (rivais dos tabajaras). Após o incidente, Leitão procurou formar uma aliança com os tabajaras, que por temerem outra traição, a rejeitaram.
Depois de um certo tempo Leitão e sua tropa finalmente chegaram aos fortes São Filipe e Santiago, ambos em decadência e miséria devido as intrigas entre espanhóis e portugueses. Com isso Martim Leitão nomeou o espanhol conhecido como Francisco Castrejón para o cargo de Frutuoso Barbosa. A troca só fez piorar a situação. Ao saber que Castrejón havia abandonado, destruído o Forte e jogado toda a sua artilharia ao mar, Leitão o prendeu e o enviou de volta à Espanha.
Quando ninguém esperava, os portugueses unem-se aos tabajaras, fazendo com que os potiguaras recuassem. Isto se deu no início de agosto de 1585. A conquista da Paraíba se deu no final de tudo através da união de um português e um chefe indígena chamado Pirajibe, palavra que significa “Braço de Peixe”.