O povoado de Itainópolis surgiu ainda no século XIX, quando o Visconde da Parnaíba, atraído pelas terras férteis do vale do rio Itaim, instalou ali uma fazenda de gado. Alguns sertanejos, também atraídos pelas terras boas, construíram casa aos arredores da fazenda.
O visconde batizou a fazenda de Jenipapo. Ao ser substituído, em 1844, o visconde retirou a fazenda, mas ficaram os sertanejos. Anos mais tarde, as terras da fazenda foram anexadas ao município de Picos e o povoado Jenipapo continuou ali prosperando. Somente em 1954, ele foi elevado a categoria de cidade com o nome de Itainopólis em homenagem ao rio que banha a cidade Itaim. A vegetação predominante na região é a caatinga arbustiva e arbórea.