Recebe o nome em homenagem a: Luís Pereira Barreto (1840–1923)
Pereira Barreto foi fundada por colonos imigrantes japoneses que iniciaram o trabalho na lavoura. Por isso, quando o município ainda era um distrito, recebeu o nome de Novo Oriente.
A região onde se localiza atualmente o município de Pereira Barreto fazia parte de uma fazenda federal, onde, em 1858, foi criada uma colônia militar com o nome de “Estabelecimento Naval de Itapura”, em virtude de estar situada justamente no salto de Itapura, no rio Tietê. Havia nessa região, naquela época pertencente ao município de São José do Rio Preto, um povoado situado à margem do rio Tietê, chamado Itapura, que foi elevado a distrito em 1909. Parte desse território, inclusive, foi desmembrado e incorporado ao distrito de Penápolis, em 1910. Era proprietário das terras do povoado de Itapura o Coronel Jonas Alves de Mello, que então já havia vendido grande parte dessa propriedade a vários imigrantes japoneses.
Pereira Barreto foi fundada oficialmente, em 11 de agosto de 1928, com o nome de Novo Oriente, quando a Sociedade Colonizadora do Brasil Ltda. adquiriu parte das terras do povoado de [Itapura], a fim de receber imigrantes japoneses que vieram para o Brasil, naquela época, trabalhar na lavoura. As terras então já pertenciam, pela Lei n.º 2008, de 23 de dezembro de 1924, ao município de Monte Aprazível. As terras então adquiridas pela Sociedade Colonizadora eram banhadas por grandes rios, como o Tietê e o Paraná, o que as tornavam apropriadas para a lavoura, que, em pouco tempo, tornou viável o rápido progresso da região.
Em 1938, o então distrito de Novo Oriente foi elevado à categoria de município, pelo Decreto n.o 9.775, de 30 de novembro de 1938, e recebeu então o nome de Pereira Barreto, em homenagem ao médico e político brasileiro Dr. Luiz Pereira Barreto(1840-1923).
Pereira Barreto ainda guarda fortes traços de seus fundadores, os imigrantes japoneses, que podem ser facilmente observados na cozinha, nos costumes e nos monumentos públicos da cidade. Posteriormente, vieram para cá, também imigrantes italianos, espanhóis, portugueses, sírios, libaneses e muitos brasileiros vindos de várias regiões do País, principalmente do Nordeste. Com o passar dos anos, a população de descendentes de japoneses foi se reduzindo. Alguns se mudaram para outras cidades; outros fizeram o caminho inverso dos seus antepassados: foram trabalhar no Japão. Alguns desses, inclusive, até fixaram residência definitiva naquele país. Essa pequena “diáspora”, no entanto, não fez com que as marcas da influência dos japoneses em Pereira Barreto desaparecessem.
Em 1990, a cidade transformou-se quase em uma ilha fluvial, em decorrência da formação do lago da hidrelétrica de Três Irmãos, no rio Tietê. Pereira Barreto, que até então era uma cidade de tradições agropecuárias, perdeu a maior parte de suas terras agricultáveis. No entanto, passou a ter, em decorrência das transformações geofísicas, um enorme potencial turístico a ser explorado.
A antiga ponte pênsil “Novo Oriente”, construída pelos colonizadores, no início da década de 30, foi, também em 1990, totalmente submersa pelas águas do lago de Três Irmãos. Hoje, ainda é possível observa-la por meio de mergulho, utilizando-se, para isso, equipamentos adequados.