Dados concretos apontam a ocupação da cidade em 1859, com a chegada da família Arruda à região, porém historiadores acreditam que município de Piraju teve seu início por vota de 1800, devido à existência de uma estrada utilizada por viajantes para chegar a algumas localidades na região. Devido a esse fato e à fertilidade da terra, alguns colonos foram tomando posse e por ali se estabelecendo.
O local era conhecido como Tijuco Preto, que na língua Tupi-Guarani quer dizer “caminho de entrada“. As terras pertenciam a três famílias da região: Arruda, Faustino e Graciano, e por volta de 1859 foram doadas para a criação do Patrimônio de São Sebastião.
Em 16 de Março de 1871, através do Decreto-Lei Estadual nº 23, foi criada a freguesia “São Sebastião do Tijuco Preto”, pertencendo ao município de São João Batista do Rio Verde (atual Itaporanga), sendo mais tarde elevada a vila com a mesma denominação através da Lei Provincial nº 111, de 25 de abril de 1880. Em 6 de Junho de 1891, recebeu a denominação “Piraju”, que, segundo antigos moradores, foi derivado de “pira-yuba” (peixe amarelo, em guarani), denominação da própria aldeia localizada nas proximidades.