Situado entre os rios São Francisco e Real, o litoral sergipano foi visitado em expedição em 1501 por Gaspar de Lemos.
Em 1534, o Brasil foi dividido em capitanias hereditárias e o território de Sergipe fazia parte da capitania da Baía de Todos os Santos. Na segunda metade do século XVI teve início a colonização do estado com a chegada de navios franceses onde os seus tripulantes trocavam objetos diversos por produtos da terra (pau-brasil, algodão, pimenta-da-terra).
Entre o final do século XVI e as primeiras décadas do século XVII, a atuação dos missionários e de algumas expedições militares afasta os franceses e vence a resistência indígena. Ocorre grande miscigenação entre portugueses e índios.
Garcia d’Ávila, proprietário de terras na região, iniciou a conquista do território. Contava com a ajuda dos jesuítas para catequizar os nativos. A conquista deste território e sua colonização facilitariam as comunicações entre Bahia e Pernambuco e impediriam também as invasões francesas.
Surgem os primeiros povoados, como o arraial de São Cristóvão. Originário do povoado de São Cristóvão, a capitania de Sergipe D’El-Rey foi colonizada em 1590 após a destruição de indígenas hostis e Sergipe começa a explorar o açúcar. A existência de áreas inadequadas à plantação de açúcar no litoral favorece o surgimento das primeiras criações de gado. Sergipe torna-se, então, um fornecedor de animais de tração para as fazendas da Bahia e de Pernambuco. Houve também uma significativa produção de couro.
Quando das invasões holandesas, na primeira metade do século XVII a economia ficou prejudicada, vindo a se recuperar em 1645 quando os portugueses retomaram a região. O território, que na época fazia parte da Bahia, foi responsável em 1723 por um terço da produção de açúcar da Bahia.
Uma primeira tentativa em 1820 de conceder autonomia ao território fracassou. Somente em 1823, depois da independência, Sergipe recupera sua autonomia, se desmembrando da província da Bahia. Mas o progresso da província é pequeno durante o Império, com exceção de um breve surto algodoeiro na segunda metade do século XIX.
Em 17 de março de 1855, o presidente da província de Sergipe, Inácio Barbosa, efetivou a mudança da capital de São Cristóvão para o povoado de Santo Antônio do Aracaju, elevando-o à categoria de cidade.
Com a Proclamação da República, passou a ser Estado da Federação tendo sua primeira Constituição promulgada em 1892.
O quadro permanece assim em todo o primeiro período republicano, com setores das camadas médias urbanas sendo as únicas forças a enfrentar a oligarquia local, como nas revoltas tenentistas em 1924.